Каждый ребёнок знает, что вампиры - зло. Людям с детства внушали, что вампиры злые, жестокие существа, которые всегда жаждут крови, но так ли это на самом деле? В глубокой древности вампиров начала нещадно истреблять. Вампиров становилось всё меньше и меньше, вскоре они почти совсем исчезли. Тогда они начали скрывать своё существование. В наши века в вампиров совсем перестали верить. Все считали, что это всего лишь глупая сказка, но правда ли это? Правда ли, что вампиры навсегда исчезли из жизни людей?
Нет. Вампиров хоть и осталось мало, они жили в нашем мире. Из за смешивания крови с людьми ряды чистокровных вампиров изрядно поредели, а ведь они имели огромную силу.
И вот примерно в наше время появилась академия созданная Каэном Кроссом, который хотел наладить дружелюбные отношения между людьми и вампирами. Академия Кросс делилась на два отделения: ночное и дневное. В дневном общежитии учились обычные дети, не вампиры. Они ходили на занятия целый день и по его окончанию, возвращались домой. Как только наступала темнота, в учебный класс приходило на учёбу ночное отделение - исключительно вампиры. Они учились всю ночь а с рассветом уходили в лунное общежитие.
За порядком в академии следили двое стражей - Куран Юуки и Кирию Зэро. Они были приёмными детьми ректора Кросса и единственными, кто в дневном общежитие знал секрет ночного отделения. Они пресекали все попытки дневного отделения связаться с ночным, так и следили за порядком.

-------------------------------------------------------------------------------------------------------

Игра начинается сразу после окончание второго сезона. Юуки и Канамэ теперь живут в городе, близ академии Кросс, как впрочем и остальные ученики ночного класса, за исключением Римы, Шики и Сэйрэн, которые остались в академии. Зэро так же остаётся в академии Кросс на дневном отделении, но более, чем на два месяца. После этого он будет переведён в ночное отделение академии. И хотя сейчас там нет ненавистного ему Курана Канамэ, Зэро не тянет переводится туда. Стражем школы вместо Юуки была назначена Йори, которая была посвящена в тайну ночного класса и теперь так же рьяно, как и Юуки будет охранять секрет вампиров.
После уничтожения совета в вампирическом обществе царит немалый хаос. Непонятно, кто теперь главный и кому подчинятся, поэтому появляется много вампиров даже уровня С, которые решают вести себя так, как им охота. Учащаются нападения вампиров и похищения людей. Гильдия Охотников пытается навести порядок во всем этом безобразии, и в принципе уже готова договориться хоть с самим дьяволом, чтобы он навел порядок среди своих подопечных. В роли такого дьявола выступает Канаме, который планирует не только приструнить вампирское сообщество, но и продолжать продвигать идеи Кросса. Между делом он объясняет Юуки пищевые цепи этого самого сообщества и ее место в этих цепях.
Сара оказывается весьма ревнивой особой и разозлившись на Юуки, решает извести конкурентку. Для того, чтобы получше узнать Канаме, который ее охраняет, похищает раненого после боя с дедом Такуму, и чуть позже (то есть вот как раз сейчас) поселяется в Академии дабы использовать всех там присутствующих в своей игре.
Зеро оказывается между нескольких огней, с одной стороны Гильдия, которая желает получить его силу, как охотника. С другой необходимость учится в Академии, при жажде крови, которая хоть и стала меньше благодаря возможности принимать кровяные таблетки, но отнюдь не исчезла совсем. С третьей, Сара, которая тоже очень хочет заручится поддержкой такой сильной пешки. (он же решил уничтожить всех чистокровных начиная с Куранов)